枸溶性磷不能被作物直接吸收。磷肥按溶解性分水溶性、枸溶性、難溶性三類。其中水溶性磷易溶于水，肥效較快，作物可直接吸收；枸溶性磷微溶于水或2%枸櫞酸溶液，肥效較慢，不能被作物直接吸收。

枸溶性磷易被固定而失效。磷在土壤中容易被鐵、鋁、鈣等所固定而失效。枸溶性在土壤中磷轉化放慢，與水溶性磷比，釋放的磷幾乎會全部被鐵鋁鈣固定。

枸溶性磷施用引起缺磷的損失大。早施農作物的苗期吸收磷的速度最快，一般要占生育期總需磷量的一半。如果苗期缺磷，即使后期再補充，也很難挽回苗期缺磷所造成的損失。枸溶性磷肥料釋放慢，總量小，無法滿足作物苗期需求。

枸溶性磷缺陷早期不易發現，潛伏期長。土壤一般積累有少量的水溶性磷，一個季節施用枸溶性磷，作物會從土壤中吸收磷，問題不易發現。但長期施用枸溶性磷，土壤的水溶磷長期得不到補充，問題明顯暴露，但災難無法補充。同時，復肥廠家一般會提高氮含量，商家誘導農民增施氮肥，利用氮提苗，用苗期長勢搏得農民的認可。后期即使問題被發現，也可找到各種原因推托或引導補肥，掩蓋缺磷的問題。